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本院坐落於基隆市東信路二八二號，佔地約三千坪；創立於日據明治三十二年(西元一八九九年)三月，因本省發生鼠疫，對於傳染病隔離治療之需而籌建，原名「港東隔離病院」，可收容傳染病患與帶菌者一百五十人，第二次世界大戰末期被炸，光復後民國三十六年九月復遭颱風侵襲，醫院房舍損壞殆盡。
民國三十八年一月改稱基隆市傳染病院，同年七月新任市長謝貫一，提供經費，加強整修，於民國三十九年一月改置基隆市立醫院，置病床五十床，分設內科、外科、婦產科、耳鼻喉科、皮膚科、檢驗室、Ｘ光室，後於民國四十、五十二、五十四年先後增建病房三棟，再增病床三十六床，民國五十七年改建醫務大樓二層，於同年十月二十五日落成，六十四年增建成目前三樓房舍，病床數達二二０床，六十九年增建急診大樓一棟；民國七十年後，因病房日漸老舊，私人大型醫院加入競爭，本院病房數，遞減至三十五床，急診業務暫停辦理；另於八十五年時基隆市政府將舊病房一千坪土地闢為殘障綜合福利服務中心。
本院為提高醫療水準及強化醫師陣容，並求提昇醫療品質，於民國七十六年起，先後與多家教學醫院合作，目前與台大醫院、國泰醫院及台北市立聯合醫院、長庚醫院等建立長期醫療合作。此外，為提升優質醫療服務品質，本院在長官指導及各部門主管共同參與下，於民國77年首次經行政院衛生署評鑑為地區綜合醫院，並整合公共衛生及臨床醫療之社區醫院經營模式，除承辦市府委託之各項大型健康檢查，諸如老人健康檢查、40歲以上婦女健康檢查、身心障礙市民健康檢查及國中、小新生健康檢查外，本院亦於門診部設置內科、外科、美容外科、眼科、牙科、婦產科、耳鼻喉科等，為市民服務。近期在市民期許下，本院更開辦護理之家、居家護理、日間照護中心、呼吸照護病房及老人失智中心。
時值此醫療競爭之大環境，本院除持續發揮為民服務的理念，繼續朝向多功能、多元化之慢性病與長期照顧之醫療願景邁進
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